Príbeh sa odohráva v blízkej budúcnosti v meste s názvom Heartland. Tsukumo Yuuma je mladý duelant, ktorý sa napriek tomu, že je amatér, snaží stať šampiónom Duel Monsters. Jedného dňa, počas súboja so školským tyranom, sa pred Yuumom objaví tajomný duch zvaný Astral, ktorý mu pomôže vyhrať. Astral potom Yuumovi vysvetlí, že hľadá svoje stratené spomienky, ktoré boli premenené na 99 kariet „Xyz Monster“ s názvom „Numbers“ a boli roztrúsené po celom svete. "Čísla" majú schopnosť vlastniť duelantov, ktorí ich vlastnia, a prejaviť ich najtemnejšie túžby. Aby získal svoje spomienky a pozbieral karty „Čísla“, Astral sa spojí s Yuumom.