Headmasters začína tým, že Galvatron vedie novú skupinu Decepticonov, aby viedli vojnu na planéte Cybertron s riaditeľmi Decepticon. Cybertronians sú zachránení príchodom riaditeľov Autobotov, ktorých vedie Fortress (Cerebros, šéf pevnosti Maximus). Ukázalo sa, že Fortress opustil planétu Cybertron pred miliónmi rokov pri hľadaní energie a nakoniec sa im podarilo vrátiť sa domov. Ukázalo sa, že Riaditelia sú skupina malých Cybertrončanov, ktorí opustili planétu pred miliónmi rokov a stroskotali na nehostinnej planéte Majster. Aby prežili drsné podnebie, niekoľko vyvolených Cybertrončanov skonštruovalo väčšie telá nazývané „transtektory“, ku ktorým sa pripojili ako hlavy. Teraz sa pripojili ku konfliktu Autobot-Decepticon. Superveda planéty Majster tvorí chrbticu konfliktu, ktorý sa následne stal známym ako Majstrovské vojny.