Hayato Hayasugi (jeho priezvisko je slovná hračka so slovami „príliš rýchlo“) a ďalšie deti budú slúžiť ako vodiči pri pilotovaní Shinkalionu. Roboty Shinkalion sú rôzne modely skutočných japonských guľových vlakov (shinkansen), ktoré sa transformujú na robotov, aby bojovali proti neznámemu zlu, aby chránili bezpečnosť a mier Japonska. Deti musia spolupracovať s dospelými zo Shinkansen Ultra Evolution Institute (SUEI), aby porazili monštrum, ktoré vyzerá ako čierny vlak.