Seriál Scarlet nexus se odehrává v blízké budoucnosti jistého světa, který je v některých ohledech podobný tomu našemu. Když se zde psal hvězdný kalendářní rok 2020, tak na planetu zaútočila tajemná a bizarní stvoření, kterým společnost začala říkat Jiní (Others). Nikdo netuší, co jsou Jiní zač a co chtějí, lidé pouze ví, že přichází z nebes a že se živí lidskými mozky. V odpověď na tuto hrozbu vznikla specializovaná armáda OSF (Other Suppression Force) složená z těch nejschopnějších lidí s psychickými schopnostmi. V tomto světě má totiž každý nějaké nadpřirozené schopnosti, jako je například psychokinetika (pohyb předměty myslí), ovládání živlů, předvídání atp., ovšem každý má jiný psionický potenciál (sílu svých schopností). Nyní, o mnoho let později od prvního útoku jiných, se jedním z nových rekrutů stává i Juito, šestnáctiletý mladík, kterému v dětství zachránila jedna členka této armády život, a tak cítí jako svojí povinnost splatit svůj dluh armádě i této konkrétní, pro něj neznámé, osobě, i když dle měření nemá zrovna ten největší psionický potenciál. Navíc je jako člen velmi bohaté rodiny a jeden z potomků zakladatele OSF pod velkým mediálním tlakem. Během prvního dne se Juito potkává s Kasane, mladou dívkou, která byla díky svým nadprůměrným psychickým schopnostem také povolána do armády. Kasane je Juitovi zvláštně povědomá, jakoby se již někdy s někým jí podobným setkal. Dívka to také nemá zrovna jednoduché, snaží se dohlédnout na svojí nevlastní sestru Naomi, která též narukovala a zároveň se jí čím dál častěji zdají hodně divné sny, ve kterých k ní promlouvá tajemný hlas. Jaký je význam těchto snů? Co jsou Jiní opravdu zač? Jaký je opravdový příběh mladého Juita? Rudá vlákna osudu se začínají pomalu spřádat dohromady a nebezpečí nečíhá jen v podobě tajemných Jiných...