Ryza no Atelier sleduje příběh Stout Reisalin, dívky žijící na ostrově Kurken hledající dobrodružství. Jednoho letního dne objeví opuštěnou veslici a se svými přáteli Marslinkem Lentem a Mongarten Tao se vydává na pevninu. Cestou se Ryza seznámí s alchymistou Vollmerem Empelem a jeho společnicí Decyrus Lilou, což ji přivede na cestu učení alchymie a jejích propletených dobrodružství, a brzy zjistí pravdu o svém domově.