Desať rokov po začiatku éry Meidži sa Rurouni zatúla do Tokia, aby našiel nový život so svojimi novými priateľmi. Zaprisahajúc sa, že nikdy nezabije, sa snaží uniknúť svojmu osudu najväčšieho zabijaka dynastie Edo. Novú éru Meidži ohrozuje stará hrozba, zloduch je Shishio Makoto, nástupca Hitokiri Battousai, ktorý mal zomrieť v Boshine. vojny. Shishio a jeho Juppon Gatana sú pripravení začať novú revolúciu, aby napravili nesprávne činy vlády Meidži a tiež sa vyhli kolonizácii.