Javiskom je mesto Ayanagi, mesto neďaleko Japonského mora. Je to futuristické mesto, ktoré bolo postavené, aby sa zotavilo z pohromy spôsobenej „syndrómom apatie“ pred desiatimi rokmi. Stredoškolák Kanzato Shin a jeho malý brat Jun sa stretávajú so svojím starším bratom Ryouom, ktorý je hlavným mestskej polície Ayanagi opäť po desiatich rokoch. V tom čase sa v meste Ayanagi stane séria zvláštnych incidentov, ako napríklad posádka ponorky, ktorá náhle zmizne, alebo bezduchý symptóm, ktorý po desiatich rokoch naruší svet, alebo prípad mŕtvoly naruby, kde sa ujal študent. krutý vzhľad. Ryou vystopuje organizáciu za reťazou incidentov, a keď sa do incidentov zapletie, Shin prebudí „Persona“.