Píše sa rok 20XX. Ninja, ktorí kedysi sfalšovali históriu Japonska, boli roztrúsení po celej krajine počas obnovy Meidži. Keď sa títo nindžovia zmiešali s ostatnými klanmi, ich pokrvná línia sa stenčila a postupne mizli z dohľadu. Potomkovia týchto ninja klanov, ktorí sa snažili zachovať svoje dedičstvo, vytvorili WNA (World Ninja Association) v nádeji, že budú pokračovať v ich odkaze. A tak sa WNA podarilo vyvinúť Ninja-Gum, umenie, ktoré by mohlo vyvolať sila Shinobi. A predsa vytvorenie najmocnejšej Ninja-Gum vyžaduje najsilnejšiu ninja DNA. Takže sa konal turnaj Ninjala, aby sa našiel ten najmocnejší zo všetkých ninjov...