Existuje několik případů, na kterých se dá demonstrovat, že lidský mozek a způsob, jakým vnímá okolní svět, je značně omezený. Jak tedy dokážeme říct, co je opravdové a co je jen naše fantazie?Příběh Musaigen no Phantom World se odehrává v blízké budoucnosti, kterou utvářel jeden velmi vážný incident. Je to již několik let, co se jedna z laboratoří jisté vládní firmy stala cílem teroristického útoku. Tím se dostal mezi obyvatele virus, který výrazně změnil jejich mozek. Díky této změně mohou lidé vidět a vnímat vše, co předtím neviděli. Tak se lidé poprvé setkali s nadpřirozenými stvořeními, duchy a bytostmi, které dříve považovali pouze za výplody bujné fantazie. Všechna tato stvoření byla označena jako "Phantomové". Ne všechna tato stvoření jsou však přátelská, a tak některá mohou představovat výrazné riziko pro společnost. Naštěstí ve stejný okamžik, kdy se objevili Phantomové, začali se mezi lidmi vyskytovat i jedinci, kteří měli nejrůznější nadpřirozené schopnosti, díky kterým dokáží tato nebezpečná stvoření neutralizovat nebo i zlikvidovat. Haruhiko Ichijo je jedním z těchto vyvolených, mladý chlapec, který má velmi rád čtení knížek a který je členem kroužku, jenž se zabývá lovem Phantomů. Jsou však tou opravdovou hrozbou Phantomové, nebo je vše úplně jinak?