Tokiha Mai a jej chorľavý mladší brat Takumi získali štipendium na účasť na prestížnej Fuuka Academy. Cestou tam sa trajekt, ktorým cestujú, stane miestom deštruktívnej bitky medzi dvoma dievčatami, ktoré majú zjavne nadprirodzené sily. Toto je len začiatok ich problémy, keď sa Mai dozvie, že ona sama má tieto schopnosti – sily HiME.