Podle historických záznamů alternativního světa došlo na Marsu v roce 1967 k prvnímu kontaktu s mimozemskými bytostmi, jež se začaly přezdívat BETA. Jejich cílem však nebylo navázat přátelské vztahy, ale naopak rozpoutat válku. Po řadě vesmírných střetů došlo v roce 1973 ke kritickému zlomu a proražení vnější obrany, v důsledku čehož BETA poprvé vstoupili na povrch Země. A tak započala globální mimozemská invaze a postupná likvidace lidstva.Náš příběh začíná mezi lety 1997-1998. Středoškolačka Takamura Yui, příslušnice jedné z předních japonských rodin a dcera vynálezce, který pomohl s vývojem mechanizovaných jednotek TSF („Tactical Surface Fighters"), studuje na jedné z dívčích škol určených pro výcvik budoucích pilotů. V té době se dá Japonsko stále ještě považovat za lidskou državu. Vše se ale změní během léta 1998, kdy BETA obsadí celý asijský kontinent a poprvé vstoupí i na břehy Japonska. Nezkušená Yui je společně se svými spolužačkami zpočátku použita pouze jako záložní jednotka, ale dřív než se naděje, ocitne se v přední linii. Vypadá to, že „bezstarostná" studentská léta jsou nenávratně pryč a krutá realita se hlásí o pozornost. Hlavní město Japonska padlo a ruce nevinných školaček jsou potřísněny krví. O tři roky později je invaze BETA pozastavena. Yui je, jakožto poručík japonské imperialistické armády, poslána do výzkumné základny na Aljašce, kde probíhá mezinárodní vývoj nových TSF. Zde je přiřazena k projektu XFJ, který má za cíl vylepšit původní japonský typ TSF. Spolu s ní je však na základnu povoláno i několik nových pilotů z celého světa, mezi nimiž se nachází i americko-japonský míšenec jménem Yuuya Bridges, který je zároveň i hlavním pilotem XFJ projektu. Ten však ke svým novým kolegům chová značnou nedůvěru a předsudky. Jenže v době, kdy lidstvo bojuje o přežití, není na podobnou nevraživost místo.