Merc storia je příběhem z kouzelného světa, kde vedle sebe žijí lidé, magická stvoření i nejrůznější příšery. Všichni se snaží žít v klidu a míru a tento svět je opravdu velice bohatý na různá království, státy, svobodná města i říše. Za jejich poznáváním se jednoho dne vydává mladý chlapec Yuu, který má zvláštní magické schopnosti, díky kterým dokáže zklidnit a vyléčit duši každého divokého a splašeného monstra. Tak Yuu putuje magickým světem na povoze obchodníka jménem Jamo a doprovod mu dělá zvláštní malá osůbka jménem Merc, dívka uzavřená v láhvi, která před tím, než potkala Yua, ztratila všechny svoje vzpomínky...