Hra Magical Girl Destroyers se odehrává v dystopické blízké budoucnosti, kde byla kultura otaku v Japonsku vymazána tajemnou organizací známou jako „SSC“, sleduje osudy Otaku Hero – mladého revolucionáře, který miluje kulturu otaku – a Anarchy, Blue a Pink, trio kouzelných dívek, které ho obdivují. Společně se snaží vytvořit „svět, kde můžete říkat, co se vám líbí o tom, co se vám líbí, stejně jako se vám líbí