Po smrti svého otce se Kaito Kuroba dozví o jeho tajné identitě. Byl to mezinárodní zločinec známý jako Zloděj Fantom. Dále se dozvídá, že byl zabit tajnou organizací, které odmítl pomoci se získáním drahokamu Pandora, který "uroní slzu" a dá uživateli nesmrtelnost. A tak se Kaito rozhodne jít ve šlépějích svého otce, najít drahokam a zjistit, kdo zabil jeho otce.