Macross Zero, ktorý sa odohráva rok pred udalosťami pôvodnej série Macross, zaznamenáva posledné dni vojny medzi U.N. Spacy a anti-OSN. frakcie. Po zostrelení najnovším bojovým lietadlom proti OSN sa eso pilot Shin Kudo ocitá na vzdialenom ostrove Mayov, kde technológie takmer neexistujú. Zatiaľ čo Shin zostáva na ostrove, aby si vyliečil svoje rany, pokoj ostrova naruší bitka, ktorej sa zúčastní najnovšia stíhačka OSN - VF-0.