Píše se rok 2029 a město Niihama se proměnilo ve vysoce technologickou metropoli. Díky obrovskému pokroku v kybernetice si jeho obyvatelé mohou nahrazovat části těla robotickými implantáty. Svět je propojenější než kdy dřív a Úřad veřejné bezpečnosti, Sekce 9, má za úkol bojovat proti korupci, terorismu a dalším hrozbám, které s sebou tato nová éra přináší. Neochvějná majorka Motoko Kusanagi ze Sekce 9 vede vyšetřování záhadného hackera známého pouze jako Loutkář (Puppet Master), který za sebou zanechává oběti připravené o své vzpomínky. Stejně jako mnoho lidí v tomto futuristickém světě má i Loutkář téměř celé tělo nahrazené kybernetickými implantáty, což mu propůjčuje mimořádné schopnosti. Jak Motoko a její tým postupně rozplétají stopy tajemného zločince, do případu se začnou vměšovat další strany, včetně Sekce 6. Vyšetřování se tak mění ve stále složitější síť intrik a skrytých motivů. Při hledání pravdy se Motoko zároveň zamýšlí nad hlubokými filozofickými otázkami o vlastní identitě, vědomí a smyslu života – a brzy pochopí, že odpovědi, které hledá, jí může poskytnout jedině samotný Loutkář.