Jinki sleduje príbeh hlavnej postavy Aoby, osamelého dospievajúceho dievčaťa, ktoré vyniká v stavaní plastových modelov robotov. Jedného dňa ju unesie jej vlastná matka do džungle Južnej Ameriky, kde organizácia s názvom „Angel“ pripravuje robota menom Bojový robot Moribito číslo 2 („strážca“), aby bojoval proti starovekému „jin-ki“ ("ľudské stroje").