Země vysílá první expedici mimo naší galaxii do potopeného města Atlantis. Skupina kolonizátorů se tak pod vedením doktorky Elizabeth Weirové dozvídá více o našich předcích a největší rase ve vesmírů - Anticích. Dále se seznamují a navazují vztahy s obyvateli okolních planet. Ty sužuje hrozba v podobě krvelačné rasy Wraithů, kteří potřebují lidskou životní energii. Naši noví "Atlanťané" se snaží pomáhat ostatním a bránit Atlantis za každou cenu, protože Wraithové by mohli na Zemi najít nové loviště. S řešením problémů významně pomáhá i český vědec Radek Zelenka, který občas mluví česky :-)