Seriál je zasazen do světa, kde existuje magie a je využívána ve spojení s technologií po celá staletí. Příběh se odehrává v roce 2095, kdy Tacuja Šiba a jeho sestra Mijuki Šiba vstupují jako noví studenti na Soukromou magickou univerzitu. A zatímco Mahóka kókó no rettósei se zaměřil na veškeré následující události především z pohledu Tacuji, tak Mahóka kókó no jútósei nám nabídne pohled na vše očima Mijuki...