„.hack//Roots“ sleduje príbeh Hasea, čierneho „Adepta Rogue“ (trieda, ktorá dokáže používať viacero typov zbraní) a člena „Twilight Brigade“, malého cechu vytvoreného v rámci „The World R:2“. V roku 2015 budova CC Corporation vyhorela a s ňou aj väčšina existujúcich dát pre „The World“. Spojením dát z toho, čo by potenciálne bola ďalšia hra, s tým, čo zostalo z „The World“ po požiari, CC Corp. vytvorila „The World R:2“ a vydala ju v roku 2016, kedy sa odohráva aj anime. Hlavné revízie v tomto vydaní boli, že hra umožňovala hranie cechov a PvP (hráč vs. hráč).