Príbeh sleduje Motoko Kusanagi, vysoko kvalifikovanú členku armády, ktorá po stretnutí s Daisuke Aramaki, súčasnou šéfkou sekcie verejnej bezpečnosti 9, v menej než žiaducich podmienkach bojuje o očistenie svojho mena a zároveň vytvára svoj vlastný nezávislý tím s najvyššou prioritou. pod záštitou a vedením samotného náčelníka Aramakiho. Ghost in the Shell: Arise je prepracovanou predstavou hry Masamune Shirow's Ghost in the Shell.