Makoto Mizuhara pracuje na svojom najnovšom experimente v školskom vedeckom laboratóriu, no keď si dá prestávku, objaví sa jeho celoživotný rival Katsuhiko Jinnai a pokúsi sa zničiť zariadenie a zdiskreditovať Makota. To preťaží experiment a prenesie Makoto, Jinnai, jeho sestru Nanami a ich učiteľa pána Fujisawu do zvláštneho a veľkolepého sveta El Hazard. Makoto a Fujisawa pristanú priamo v Kráľovstve Roshtaria a rýchlo sa spriatelia s princeznou Rune Venus. Jinnai sa spojí s Bugrom, rasou obrovského hmyzu usilujúcou sa o ovládnutie El Hazarda, zatiaľ čo jeho sestra sa snaží získať svoje vlastné živobytie v púšti. Makoto zúfalo hľadá spôsob, ako sa vrátiť domov, pričom bojuje proti Bugromu, žiada o pomoc sväté kňažky a bráni démonskému bohovi Ifurita, aby všetko zničil.