Yui je priemerná školačka, ktorá žije v budúcnosti, kde sú všetky počítače podporované jednou globálnou sieťou známou ako COMNET. Yui je počítačovo negramotné dievča, ktoré po nehode v počítačovom laboratóriu osloví IR, počítačový program na opravu počítačov vyzerajúci ako mýval, ktorý jej povie, že musí zachrániť COMNET. Musí zabrániť darebáckemu počítačovému programu s umelou inteligenciou (AI) známemu ako Grosser a jeho prisluhovačom v ovládnutí sveta. Grosser bol pôvodne navrhnutý ako manažér celého COMNETu. Spočiatku sa veľmi zdráha hrať hrdinku kvôli úplnému nedostatku vedomostí a zručností v práci s počítačmi. Aby zachránila COMNET, musí nájsť a získať si dôveru ostatných sedem neposlušných programov na opravu počítačov. Musia tiež nájsť tvorcu COMNETu, profesora Inukaia, aby pomohol Grosserovi natrvalo zastaviť.