Tajný vládny plán vykopať historické postavy a naklonovať ich vyšiel. Je to o 16 rokov neskôr a klony sú teraz na strednej škole. Piatimi hlavnými postavami sú Abe Lincoln, všade milý, no naivný chlapík, ktorý túži po školskej sexpotke Kleopatre, ktorá chodí s machom JFK. Abeovi dvaja najlepší priatelia sú Joan z Arku, úzkostné goth dievča, ktoré je do neho zamilované, a Gándhí, non-stop zviera na párty. Clone High odvážne rieši náročné problémy tínedžerov, ako je nedostatok spánku, chytanie ADD zo záchodových dosák, zlé odpadky a to, že chlap, ktorý sa vám páči, vás nemá rád, rovnako ako vy jeho. Dá sa Abe dokopy s Cleo, alebo mu to prekazí fešák JFK? Prinúti Joan konečne Abea, aby si ju všimol? Kto to má povedať?