Příběh Seisen Cerberus: Ryūkoku no Fatalite se odehrává na kontinentu zvaném Kuna'ahn, kterému vládne meč a magie. Zde se rozprostírají tři velké a mocné říše: Svaté království Amoria, Království Ishilfen a Království Vanrodis, které mezi sebou udržují křehkou rovnováhu sil. Pokud by však byla tato rovnováha narušena, pak by byl osud kontinentu ohrožen bojem o moc mezi těmito královstvími. Všichni se obávají tohoto osudu stejně jako se bojí zla, které se po tomto světě pohybuje. Tím je strašlivý drak Dagan Zod, který se zjevuje ze stínů a po kterém zůstává jen smrt a zničená země. Před deseti lety se rozhodla skupina čarodějů za podpory všech tří království s tímto drakem vypořádat. Jako návnada na přilákání draka byla použita mladá a krásná žena jménem Kismitete. Její manžel Bairo a jejich syn Hiiro spolu se stovkou čarodějů a vojsky všech tří království čekali, až se strašlivý drak objeví, aby jej mohli společnými silami porazit. Bohužel nakonec celý rituál selhal. Během nastalého zmatku došlo k magickému kontaktu mezi strašlivým drakem a mladým chlapcem Hiirem, který vedl k tomu, že se mezi oběma utvořilo tajemné pouto. Drak však zvítězil a toho dne si vzal mnoho životů, mezi nimiž byli i Hiirovi rodiče. Hiiro však přežil, byl zachráněn válečníkem jménem Giruu. Během následujících let se mladý Hiiro učil od svého zachránce jak bojovat a připravoval se na další střetnutí se strašlivým drakem, aby dokonal to, co jeho rodiče započali...