V blízké budoucnosti zanechal náhlý a nevysvětlitelný vzestup moře velkou část lidské civilizace pod vodou. Ikaruga Natsuki, chlapec, který před několika lety přišel při nehodě o matku a nohu, se vrací zklamaný z drsného života ve velkoměstě, aby našel svůj starý venkovský domov napůl pohlcený mořem. Zůstal bez rodiny a ke svému jménu má jen loď a ponorku, kterou mu zanechala jeho oceánoložka babička, a její dluhy.