Příběh čtyřdílné série se odehrává v postapokalyptické budoucnosti, kdy velká část souše zmizela pod hladinou moře a monstra z oceánu se pokoušejí zničit poslední zbytky lidstva. Tato monstra záměrně vytvořil kdysi slavný a respektovaný vědec Zorndyke tak, aby prospívala v oceánu a snažila se vyhubit lidi. Proti tomu z posledních sil bojuje Modrá flotila, k níž patří Modrá ponorka č. 6, které velí Iga Tokuhiro. Na jeho příkaz má mladá pilotka Kino přivést na palubu jeho velice schopného přítele Hayamiho, který před časem Modrou flotilu z osobních důvodů opustil a bojovat už nikdy nechtěl. Na zatopené město, kde Hayami žije, zaútočí monstra, a proto Hayami pomůže výsadku z Modré ponorky č. 6. Přes protesty Kino zachrání Hayami před smrtí nepřítele – mořskou pannu Mutio, která slouží na Lodi duchů pod velením monstra Verga. Hayami i Mutio cítí, že zabíjení nepřátel není správné, protože to jsou živé myslící a cítící bytosti, ale jejich velitelé žádají opak: vyhlazení všech příslušníků druhé strany konfliktu. Zorndykova monstra získávají stále větší převahu, a proto se Modrá flotila rozhodne použít atomové zbraně. Netuší však, že i to je součástí Zorndykova plánu...