Jednoho dne se celé město z ničeho nic vypaří z povrchu zemského. Od té doby se zbytky města a nově vzniklá propast v jeho středu, ke které mají přístup pouze tajné složky, nazývají Lost. Mladá dívka Yuki je dle všeho jediná přeživší oné katastrofy a stává se objektem zájmu několika organizací. Zmatená, kde jediné vodítko je zašifrovaná zpráva jejího nezvěstného otce, potkává samotářského pašeráka Takuyu a spolu se vydávají po stopě vzkazu, který může být klíčem k rozluštění záhad Lostu.