Ked sa kapitan Colter Stevens prebudi v sedadle primestskeho vlaku, netusi, kde sa tam vzal. Naproti nemu sedi Christina. Colter ju vidi prvykrat v zivote, ale Christina ho ocividne dobre pozna. Colter Stevens zistuje, ze sa prebudil v tele ineho cloveka. Nez sa stihne z vzniknutej situacie spamatat, je vlak rozmetany silnym vybuchom. V zapati sa Colter objavi v podivnom bunkri izolovanom od okoliteho sveta. Cez obrazovku k nemu hovori dostojnicka Goodwin a pozaduje informacie o vsetkom, co prave videl. Kapitan Colter Stevens sa stal sucastou narocnej misie, ktorej cielom je odhalenie utocnika, ktory ma na svedomi vybuch vlaku, v ktorom sa Colter este pred chvilou nachadzal. Atentatnik planuje ovela vacsi vybuch priamo v srdci Chicaga a jeho chytenim tak moze Colter zachranit tisice zivotov. Tato vladna misia je zalozena na experimente nazvanom Zdrojovy kod, ktory Coltrovi umoznuje existovat v paralelnej realite - v tele Seana v chicagskom primestskom vlaku.