Dvadsať rokov po udalostiach Matrix Revolutions žije Neo zdanlivo obyčajný život ako Thomas A. Anderson v San Franciscu, kde mu jeho terapeut predpisuje modré kapsule. Ani on, ani Trinity sa navzájom nespoznávajú. Morpheus mu však ponúkne červenú kapsulu a znovu otvorí jeho myseľ svetu Matrixu