V scenári Roberta Orciho a Alexa Kurtzmana (Transformers, Mission Impossible 3) sa celá sága vracia na samotný začiatok. Neskorší kapitán Kirk (Chris Pine) je zatiaľ len postpubertálny mladík, ktorý balí dievčatá na nadupanú motorku a všetko ostatné mu je jedno. Keď má ale niekto v osude napísané, že bude v budúcnosti veliť vesmírnej flotile, musí sa tomu chtiac nechtiac podriadiť. Druhým veľkým hráčom v príbehu je rezervovaný Spock (Zachary Quinto), ktorého okolnosťami vynútený vzťah s Kirkom pripomína spolužitie vody a ohňa. Čoskoro obaja prídu na to, že ak majú zúročiť nádej, ktorú všetci do nich vkladajú, musia začať spolupracovať. A keď nejde o nič menšie než o záchranu planéty, rivalita musí ísť skutočne bokom.