V posledním pokračování trilogie o Matrixu se dostane Neo (Keanu Reeves) společně s Trinity (Carrie-Anne Moss) a Morpheem (Laurence Fishburne) do finálové bitvy proti počítačovým vládcům univerza. Zion je v podstatě dobytou baštou lidského odporu, vzbouřenci přicházejí o jednu loď za druhou a zrada číhá i v jejich řadách. Neo má navíc problém se svojí jedinečností.