Ježko Sonic je legendou videohier a vďaka dvom úspešným filmom je už aj hviezdou strieborného plátna. Po tom, čo sa mu podarilo zachrániť planétu a svojich priateľov pred všemocným zloduchom doktorom Robotnikom, by si mohol vziať trvalú dovolenku. To by však nesmel existovať tajný vládny program označením „Projekt Shadow“ (taký starý, že na ňom pracoval už Robotnikov starý otec). Jeho výsledkom bolo vytvorenie Sonicovho zlého dvojčaťa, tvora s neuveriteľnou silou a schopnosťou teleportácie. A teraz sa tento záškodník chystá ísť milovanému modrému ježkovi po krku. Keď si Sonic uvedomí, že Shadow je nad jeho sily, rozhodne sa pre vyššie dobro spojiť s niekým, s kým by sa za normálnych okolností nikdy nespojil – s doktorom Robotnikom.