Příběh se odehrává symbolicky přesně devatenáct let po Poslední křížové výpravě, v době rodící se Studené války. Indiana Jones je v něm profesorem archeologie na prahu penze, jenž si navzdory bouřlivé minulosti ze všeho nejvíc užívá klid a nebezpečně se začíná podobat vlastnímu otci. Staré instinkty se v něm probudí ve chvíli, kdy se objeví stopy vedoucí k legendární Křišťálové lebce a hlavně informace, že po tomto údajně mocném artefaktu prahnou sovětští agenti.