V pestrofarebných a teplých vodách žije vo svojom bezpečnom a odľahlom príbytku zo sasaniek Marlin a jeho syn Nemo. Marlin má obavy zo všetkých nepredvídateľných nebezpečenstiev, ktoré hlbiny oceánu skrývajú a snaží sa svojho syna chrániť pred nástrahami okolia. Nemo je však, rovnako ako všetky malé rybky, veľmi zvedavý a túži tajomný útes preskúmať. Keď je potom nečakane unesený ďaleko od domova a skončí v akváriu, ktorým si vyzdobí ordináciu lacný zubár, Marlin sa ocitne v úlohe hrdinu na ceste za záchranou syna. V priebehu hľadania sa k Marlinovi pripojí samaritánka Dory - ryba s najhoršou krátkodobou pamäťou a s najväčším srdcom v celom oceáne. Jej nehynúci optimizmus ženie Marlina dopredu a dodáva mu odhodlanie riskovať a prekonávať akékoľvek obavy. Vďaka nej začne Marlin postupne veriť, že sa nakoniec predsa len podarí všetky problémy zdarne vyriešiť..