Lidstvo se navrátilo na Zemi, aby si zpět přivlastnilo nadvládu nad svou domovskou planetou! Dvacet let plánovali lidé, vedení Haruem Nakajimou, v hlubinách vesmíru strategii, kterak znovu opanovat Zemi a vytrhnout ji z nadvlády toho, jemuž při prvním střetu byli nuceni ustoupit – Godzillovi, nejmocnějšímu z monster. Za podpory dvou mimozemských národů, Exifů a Bilusaludů, se jim po těžké bitvě podařilo vybojovat masivními ztrátami vykoupené vítězství… dokud se neukázalo, že jimi přemožený Godzilla je jen jeden z potomků toho původního, který stále dominuje Zemi, na které již mezitím uplynulo přes 20 000 let. Nesmírně obrovský a mocný „Godzilla Earth“ je stále naživu a Haruo jeho útok přežije jen proto, že jej zachrání dívka Miana z domorodého kmene humanoidních bytostí, které jsou pravděpodobně potomky lidí. Tento kmen, který si říká Houtua, uctívá prastaré božstvo, které ale bylo Godzillou zničeno, a nyní jeho odkaz přežívá pouze v podobě dvou obřích vajec. Zatímco Haruo je přesvědčen, že vejce jsou poslední nadějí lidstva v boji s Godzillou, velitel Bilusaludských mimozemšťanů zjišťuje, že zbraně Houtuů jsou vyrobeny ze zvláštního nanokovu, který byl vyvinut v 21.století coby ultimátní zbraň proti Godzillovi. Bylo by snad po těch letech stále možné tuto superzbraň, známou jako Mechagodzilla, a ležící ukrytou hluboko pod horou Fudži, aktivovat?