V Bourneovu ultimátu agent Jason Bourne zlikvidoval tajný a kontroverzní vládní program společně s jeho tvůrci. Šlo však jen o špičku ledovce, pod níž se ukrývá mnohem sofistikovanější systém tajných operací, kterému šéfuje Byer (Edward Norton). Chladnokrevného profíka události kolem Jasona Bournea rozhodně nenechávají chladným, a tak se pro jistotu rozhodne bezpečně pohřbít podobný program dřív, než mu taky přeroste přes hlavu.