Aeon Flux je členkou bandy, která se bouří proti režimu, nastoleném po smrtící infekci, terá vyhladila 99 % lidstva. Zbytek přeživších obývá jedno jediné město. Aeon, jako nejschopnejší, má za úkol zavraždit představitele společnosti Trevora. Když se s ním ale setká, není schopna ho zabít. Objevují se jí vzpomínky, jimž nerozumí. Trevoj jí prozrazuje, že již 400 let je celá společnost klonována, protože vedlejším účinkem léku proti infekci byla sterilita. Trevor sice vynalez lék, ale jeho bratr nechce volnou společnost - chce jí dál vládnout a proto ho zničil. Naštěstí nestojí všechno jen na medicíně a tak po 400 letech příroda sama uzdravila nemocné a lidstvo je schopno znovu normální reprodukce a dalšího vývoj.